L'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 modifiée portant droits et obligations des fonctionnaires dispose que la collectivité publique est tenue d'accorder sa protection au fonctionnaire dans la mesure où une faute personnelle détachable de l'exercice de ses fonctions ne lui est pas imputable. Le conseil municipal règle par ses délibérations les affaires de la commune en vertu de l'article L. 2121-29 du code général des collectivités territoriales (CGCT). En conséquence, la décision octroyant la protection fonctionnelle à un agent relève de la compétence exclusive du conseil municipal. Le maire est ainsi en situation de compétence liée pour inscrire la demande de protection fonctionnelle à l'ordre du jour du conseil municipal dans la mesure où ce dernier est seul compétent pour apprécier "si les poursuites pénales en cause sont susceptibles d'obliger la commune à accorder la protection sollicitée" (CAA Versailles, n° 11VE02556, 20 décembre 2012).
Sénat - 2014-03-11- Réponse ministérielle N° 11224
http://www.senat.fr/questions/base/2014/qSEQ140411224.html